Após a adição/remoção de informação das tabelas da tua Base de Dados MySQL, as tuas tabelas podem adquirir Overhead. Overhead é o espaço vazio deixado no interior da tabela da base de dados devido às remoções efectuadas. Uma boa maneira de optimizar a base de dados MySQL, para não mencionar que a devemos mantê-la sempre compacta, é a utilização de uma simples função PHP para optimizar as tabelas da tua base de dados.

/*  Optimizar todas as Tabelas  */
function optimizar_bd($bd_link)
{
	$resultado = mysql_query('SHOW TABLES',$bd_link) or die('Não é possível obter as tabelas');
 	while($table = mysql_fetch_row($resultado))
	{
		mysql_query('OPTIMIZE TABLE '.$table[0],$bd_link) or die('Não é possível optimizar '.$table[0]);
	}
}

Utilizo a variável $bd_link para manter a ligação ao longo do meu script PHP. Obviamente que não é necessária, assim sendo, podes modificar a função acima se não quiseres manter essa variável.